Bagian Kerjasama Setda Kota Yogyakarta terbentuk pada tahun Januari 2009. Setelah sebelumnya Tugas dan Wewenang yang saat ini dilakukan oleh Bagian Kerjasama Setda Kota yogyakarta, dilaksanakan oleh Bagian Tata Pemerintahan Umum Setda Kota Yogyakarta dan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (Bappeda) Kota Yogyakarta.

Kerjasama dimaksudkan untuk mewujudkan kepentingan bersama dalam meningkatkan penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan guna mendukung pelaksanaan otonomi
daerah.
Tujuan kerjasama yaitu :
a. Meningkatkan kebersamaan dalam memecahkan permasalahan antar daerah.
b. Meningkatkan pelayanan dan kesejahteraan masyarakat di daerah.
c. Mempercepat akselerasi ilmu dan teknologi.
d. Pemberdayaan sumberdaya dan potensi daerah dalam berbagai bidang, untuk meningkatkan pengembangan ekonomi di daerah masing-masing